Bộ phim đã phải hoãn lịch chiếu vô thời hạn do không được cấp phép của Cục Điện ảnh Việt Nam. Bộ phim dự kiến ra mắt trên toàn quốc từ ngày 19 tháng 4 nhưng phải lùi ngày chiếu để biên tập, cắt gọt. Theo yêu cầu của Hội đồng Trung ương Thẩm định Phim truyện – Cục Điện ảnh, nhà sản xuất và đạo diễn sẽ chỉnh sửa lại để Bụi đời Chợ Lớn phù hợp hơn với văn hóa phương Đông. Thông tin đưa ra từ phía Cục Điện ảnh, ngày 26 tháng 10 năm 2012, Cục Điện ảnh đã có văn bản Giám định kịch bản phim truyện Bụi đời Chợ Lớn, Cục yêu cầu Hãng phim Chánh Phương (đơn vị sản xuất) phải sửa chữa kịch bản, cắt bỏ hoặc tiết chế những cảnh thể hiện tính chất bạo lực gây hoảng loạn, ghê sợ hoặc phản cảm… để tránh vi phạm Luật Điện ảnh. Cục cũng khuyến cáo nhà sản xuất không đưa vào phim các băng Đảng xã hội đen ngang nhiên hoành hành, dàn trận thanh toán nhau đẫm máu bằng dao kiếm, lưỡi lê trên các đường phố Thành phố Hồ Chí Minh mà tuyệt nhiên không có sự can thiệp nào của các cơ quan chức năng. Tuy nhiên, phía công ty Chánh Phương đã tiến hành sản xuất bộ phim mà không trình thẩm định lại kịch bản theo yêu cầu của cơ quan quản lý.[6]

Ngày 19 tháng 3 năm 2013, Hội đồng Trung ương thẩm định phim truyện gồm 8 thành viên đã tiến hành thẩm định bộ phim, theo đó, 4 người bỏ phiếu "không phổ biến", 4 người yêu cầu nhà sản xuất muốn phổ biến phim phải chỉnh sửa lại nội dung phim theo chiều hướng giảm bớt tính bạo lực, đẫm máu. Bà Nguyễn Thị Hồng Ngát - Phó chủ tịch thường trực Hội Điện ảnh Việt Nam, ủy viên Hội đồng Trung ương thẩm định phim truyện cho biết: "Sau khi bàn bạc, Hội đồng thẩm định đã quyết định yêu cầu nhà sản xuất phim phải chỉnh sửa lại nội dung phim bởi phim có quá nhiều cảnh bạo lực. Phim xoay quanh cuộc chiến tranh giành địa bàn giữa 2 băng Đảng xã hội đen với những màn thanh toán, chém giết lẫn nhau đẫm máu. Phim lấy bối cảnh tại thành phố Hồ Chí Minh, nhưng hiện thực phản ánh trong phim không đúng với hiện thực cuộc sống của thành phố Hồ Chí Minh. Những cảnh chém giết diễn ra liên miên mà không có bất kỳ sự can thiệp nào từ phía cơ quan chức năng… Những nhân vật có tính hướng thiện trong phim lại xuất hiện rất yếu ớt, mờ nhạt. Chính vì những vấn đề nêu trên, Hội đồng yêu cầu nhà sản xuất sửa phim để không vi phạm Luật Điện ảnh của Việt Nam".[7]

Ngày 7 tháng 6 Bộ Văn hóa Thể thao và Du lịch đã ra quyết định cấm lưu hành bộ phim vì vi phạm Luật điện ảnh.